１９９８年シングル「桜」　１９９９年シングル「ピカピカ」
２０００年シングル「微熱」「FRAGILE」を発表。

２００１年セカンドアルバム「gobbledygook（ゴブルディグーク）」を発表。
女性シンガーソングライターの枠組みから大きく逸脱したサンプリングと 編集を駆使した音像世界は、近年「早すぎた傑作」と評価されている。
安原兵衛、 Stan Katayama、Victor Baily、David Campbell、 告井延隆、告井隆道、富樫春生、美島豊明、大野宏明など多数のミュージシャンが参加。

同年、七尾旅人と共同プロデュースしたシングル「ブロッサム」を発表後、 ２００２年メジャーとの契約を解消。
プライベートオフィスを設立し自身で原盤制作を開始する。

その後インディーズで活動するミュージシャンと交遊を持ちながら、独自の音楽世界を模索。
主に小規模のライヴハウスにゲスト出演し、制作途上の楽曲を発表していくスタイルで音楽制作をすすめた。

２００５年　カネボウ化粧品「ALLIE」CMソングとして「涙の太陽」を歌唱。

２００６年　もりばやしみほ、朝日美穂とともにユニット「ミホミホマコト」を結成。
ミニアルバム「mihomihomakoto」、Tiger Fake Fur名義のシングル「山羊王のテーマ」 を発表。

２００９年　第６４回毎日映画コンクールドキュメンタリー賞受賞作
「あんにょん由美香」の主題歌「ほんとうのはなし」（作詞／曲 ：豊田道倫）を歌唱。

２０１０年　前作からおよそ９年ぶりとなるサードアルバム「音楽の世界へようこそ」発表。
インディーズ作品では異例のYahoo!Japanのトップトピックスで取り上げられ、 大きな話題となった。

同年９月ファンケル「カロリミット」CMソング「いっぱい食べる君が好き」を歌唱。

２０１１年　住所不定無職、スカート、三輪二郎というインディーズ界話題の若手を ゲストに迎えた新作４曲入りCD＋６０分に及ぶドキュメンタリーDVDをパッケージした 「フェアリーチューンズ」を発表。

２０１２年　４月、絵本「とうめいの龍」「ブリキの姫」の原作、監修を手がける。
作画：井ノ上豪　編集者：斉藤まこと。好評価をいただいた荒井良二氏と対談。

８月５日、８日には１１年ぶりとなるワンマンライヴ「風流銀河girl」を東京、大阪の２大都市で行い、 デビュー前から現在に至るまでのオールタイムセットリストを引っさげ、ライヴアーティストとしての 健在ぶりを強烈に示した。

９月、かねてから交遊のある写真家佐内正史と新作４曲入りCD＋６０ページに及ぶミニ写真集という形態の 「川本真琴 and 幽霊」を発表。

１１月、ovallのmabanuaとの共作曲を「ふくい産業支援センター」が主催する映像制作のワークショップに提供。
川本が出演したPVは同郷である清水康彦が制作した。

２０１３年　１月、AKB４８の峯岸みなみに「君に恋をした」を提供。
４月、人気アニメ声優竹達彩奈のアルバムに「G.I.W.」「春がキミを綺麗にした」を提供。

２０１３年７月「JOIN ALIVE」、８月[SUMMER SONIC」と初の夏フェスに参戦。

２０１３年　１０月　本人名義による新作「願いがかわるまでに」のリリースを予定。